La premier composé connu du fluor est la fluorine, une roche utilisée en métallurgie décrite en 1530 par le savant allemand Georgius Agricola. À cause de sa nature extrêmement réactive, le fluor ne fut isolé que tardivement, bien que des chimistes de renom comme Lavoisier, Davy, Gay-Lussac ou Thénard aient étudié certains de ses composés. Henri Moissan parvint à isoler du fluor sous forme de difluor en 1886, ce qui lui valut le prix Nobel de chimie en 1906.
În 1529, Georigius Agricola a descris utilizarea fluorsparului ca un flux. În 1670, Heinrich Schwandhard a descoperit că sticla a fost gravată atunci când a fost expusă la fluorspar tratată cu acid. În 1810, omul de știință francez Andre-Marie Ampere a propus că acidul fluoric este un compus de hidrogen cu un element nou. Elementul a fost în cele din urmă izolat în 1886 de Henri Moissan.