La premier composé connu du fluor est la fluorine, une roche utilisée en métallurgie décrite en 1530 par le savant allemand Georgius Agricola. À cause de sa nature extrêmement réactive, le fluor ne fut isolé que tardivement, bien que des chimistes de renom comme Lavoisier, Davy, Gay-Lussac ou Thénard aient étudié certains de ses composés. Henri Moissan parvint à isoler du fluor sous forme de difluor en 1886, ce qui lui valut le prix Nobel de chimie en 1906.
Em 1529, Georgius Agricola descreveu a aplicação da fluorite como fundente. Em 1670, Heinrich Schwandhard descobriu ser possível gravar em vidro, quando exposto à fuorite misturada com ácido. Em 1810, o cientista francês Andre-Marie Ampere propôs que o ácido fluorídrico fosse um composto formado por hidrogénio e um novo elemento. Em 1886, o elemento foi, finalmente, isolado por Henri Moissan.